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 circRNA服務

circRNA服務?
circRNA shRNA文庫
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-08-16 | 1232 次瀏覽 | 分享到:


circRNA shRNA文庫技術
circRNA shRNA文庫是一種高通量功能基因篩選技術,同時對多種circRNA分子在細胞水平進行干擾,如果被干擾的基因在所設計的功能模型中有作用,則會被選擇性富集或丟失。分析功能篩選前后干擾RNA分布比例的變化即可獲得功能基因的信息。


第一代circRNA干擾文庫(SCL-1
吉賽生物開發出第一代的circRNA shRNA文庫Sh-CircRNA Library 1SCL-1,SCL-1文庫靶向1485circRNA和對應的1050個來源基因mRNAshRNA構成,總共包含11930shRNA分子,每個分子均設計3-5個不同的shRNA,其中靶向來源基因mRNAshRNA均避開對應circRNA的序列。

 

我們提供

1.提供包裝成熟的SCL-1文庫慢病毒產品;

2.提供功能篩選樣品NGS測序及數據分析服務。

 

SCL-1文庫篩選流程
如圖1所示,設計靶向circRNA和對應mRNAshRNA,合成并構建慢病毒文庫,用于細胞感染。細胞經過模型篩選后,文庫分子會被特異性富集或丟失,分析模型篩選前后文庫分子的比例變化即可分析出與研究模型密切相關的功能分子。



1: SCL-1文庫制備篩選流程示意圖

SCL-1文庫目標基因選擇
MiOncoCirc數據庫(圖2)為參比,SCL-1文庫對應的circRNA分子均收錄在該數據庫,每種腫瘤中文庫的分子的表達豐度都比較靠前。




2SCL-1分子在MiOncoCirc數據庫中對應每種腫瘤的收錄情況

 

腫瘤名稱簡寫ACCAdrenal Carcinoma;BLCABladder Cancer;BRCABreast Cancer;CHOLCholangiocarcinoma;COLOColon Cancer;ESCAEsophageal Cancer;GBMGlioblastoma multiforme;HCCHepatocellular Carcinoma;HNSCHead and Neck Cancer;KDY Kidney Cancer;LEUKLeukemia;LUNGLung Adenocarcinoma;MESOMesothelioma;MISCRare Cancer;MMMultiple Myeloma;MPNmyeloproliferative;NHLNon-Hodgkin's Lymphoma;OVOvarian Cancer;PAADPancreatic Cancer;PRADProstate Adenocarcinoma;SARCSarcoma (Osteo, Fibro);SECRGlandular Cancer;SKCMSkin Cancer;STADStomach Cancer;THCAThyroid carcinoma;UCECUterine Corpus Endometrial Carcinoma;

 

參考文獻:
1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.
2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.