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RNA sequencing
RRBS甲基化測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 6909 次瀏覽 | 分享到:



        DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關。是基因調控的手段之一,通過對位于啟動子及第一外顯子區的CpG島的甲基化而抑制基因的表達。在維持細胞正常功能、傳遞基因組印記,胚胎發育、腫瘤發生等方面起著至關重要的作用。      


        RRBSReduced Representation Bisulfite Sequencing)是一種準確且高性價比的DNA甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中有著廣泛的應用。RRBS通過限制性內切酶對基因組進行酶切,富集啟動子及CpG島區域,再進行Bisulfite轉化,用較小的數據量得到包含最多CpG位點甲基化信息的單堿基精度的甲基化圖譜。

 

 

RRBS技術路線圖

 

樣品要求

樣品類型:細胞、新鮮組織或DNA樣品。

物種

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 7.5Gb

 

生物信息分析內容

1 原始數據質控檢查;

2 甲基化序列比對結果分析;

3 測序深度及覆蓋度統計;

4 計算C堿基的甲基化水平;

5 DNA甲基化信號在基因組的分布;

6 DNA甲基化信號的基因組元件注釋;

7 DNA甲基化圖譜繪制;

8 差異甲基化區域分析;


高通量測序附錄

高通量測序?