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RNA sequencing
Exosome RNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 5503 次瀏覽 | 分享到:

Exosome(外泌體)是活細胞分泌的來源于晚期核內體(也稱為多囊泡體)的膜性囊泡,存在于體液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究發現,exosome內含有與細胞來源相關的蛋白質、脂質和各類核酸分子,尤其是miRNAlncRNA。Exosome能夠通過生物屏障,在細胞間傳遞功能性核酸分子,從而發揮各種生物學功能,有望成為一種新型給藥途徑及基因治療載體。
       
吉賽生物提供外泌體提取試劑盒,能夠快速分離提取exosome RNA進行建庫測序,滿足外泌體mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA的不同研究需求。





技術路線

 

 

樣本要求

樣品類型:血清、血漿、尿液、或細胞上清液

物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

 

測序方案

分析對象:mRNA+lncRNA+circRNA

測序模式 PE150

測序數據量 6-8 Gb

分析對象:miRNA

測序模式 PE150

測序數據量 10 M reads



生物信息分析內容

長鏈轉錄組分析內容

原始數據質控檢查   

比對結果質控檢查

基于基因表達的樣品主成分分析

差異基因表達及相關通路富集分析

5 circRNA預測及鑒定

6 circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的通路富集分析

差異circRNA的靶向miRNA預測分析

長鏈非編碼RNA差異分析

10 基于基因表達的通路活性分析

11 轉錄調控活性分析及通路互作分析

12 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

13 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

 

miRNA分析內容  

1 miRNA測序分析

原始數據質控檢查

比對結果質控檢查

miRNA預測

5 ncRNA注釋(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA

基于miRNA表達的樣品主成分分析

7 miRNA差異分析

差異miRNA靶基因GO功能分析

差異miRNA靶基因通路分析

10 差異miRNA與差異表達基因調控分析(如果有mRNA測序結果)

11 差異miRNA與差異表達基因網絡繪圖(如果有mRNA測序結果)



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高通量測序?